Атаките на еволюцията от страна на консервативните религиозни вярващи често включват твърдението, че няма твърди доказателства за еволюцията, която наистина се случва. Много хора се задушават от подобни твърдения, отчасти, защото макар искът да бъде отправен драматично и с лекота, опроверженията са непременно отнемащи време, академични и далеч не толкова драматични. Истината обаче е, че съществуват изобилни доказателства за еволюцията. Разликата между аналогични и хомоложни структури предоставя интересен начин за атеистите (и теоистите, които приемат еволюцията) да опишат доказателства за еволюцията, идващи от две посоки.
Аналогови / конвергентни структури
Някои биологични характеристики са аналогични (наричани също "конвергентни"), което означава, че те обслужват една и съща функция при различни видове, но те са се развили независимо, вместо от един и същ ембриологичен материал или от същите структури в общ прародител. Пример за аналогична структура са крилата на пеперуди, прилепи и птици.
Друг важен пример би било развитието на окото от камерен тип както на мекотели, така и на гръбначни. Този пример на аналогични структури е особено полезен, тъй като едно от най-често срещаните твърдения на религиозните креационисти е, че нещо толкова сложно като окото не би могло да се развие естествено - те настояват, че единственото жизнеспособно обяснение е свръхестествен дизайнер (който винаги е техен бог, макар че рядко признават това напълно).
Фактът, че очите при различни видове са аналогични структури, доказва не само, че окото би могло да се развива естествено, но и в действителност да се е развило няколко пъти, независимо и по малко различни начини. Същото се отнася и за други аналогични структури и това е така, защото определени функции (като да може да се види) са толкова полезни, че е неизбежно, че в крайна сметка ще се развият. Никакви свръхестествени същества, независимо дали са богове или не, не са необходими, за да обяснят или да разберат как очите се развиват многократно.
Хомоложни структури
Хомоложните структури, от друга страна, са характеристики, които се споделят от сродни видове, тъй като са били наследени по някакъв начин от общ прародител. Например костите на предните перки на кит са хомоложни на костите в човешка ръка и двете са хомоложни на костите в рамото на шимпанзето. Костите във всички тези различни части на тялото при различни животни са основно едни и същи кости, но размерите им са различни и те изпълняват леко различни функции при животните, където са намерени.
Хомоложните структури дават доказателства за еволюцията, защото позволяват на биолозите да проследят еволюционния път на различни видове, свързвайки ги в по-голямото еволюционно дърво, което свързва целия живот обратно с общ прародител. Такива структури също са силно доказателство срещу креационизма и интелигентния дизайн: ако имаше божество, създало всички различни видове, защо да използваме едни и същи основни части отново и отново в различни същества за различни функции? Защо да не използвате напълно нови части, които са специално проектирани за конкретни и различни цели?
Със сигурност може да се създаде „по-съвършена ръка“ и „по-съвършен плавник“, ако се базира на части, проектирани за тяхната конкретна цел. Вместо това това, което имаме в действителност, са несъвършени части на тялото и те са частично несъвършени, защото всички те са получени от кости, които първоначално са съществували изцяло по други причини. Костите бяха адаптирани в дълги периоди от време за нови цели, които им бяха нужни, за да успеят едва. Еволюцията изисква само човек да е по-добър от конкурентите, а не че е най-добрият, който теоретично е възможен. Ето защо несъвършените характеристики и структури са норма в естествения свят.
В интерес на истината може да се каже, че целият биологичен свят е съставен от хомоложни структури: целият живот се основава на едни и същи видове нуклеотиди и едни и същи аминокиселини. Защо? Перфектен и интелигентен дизайнер може лесно да създаде живот от различни аминокиселини и ДНК структури, всички специално пригодени за конкретни цели. Наличието на едни и същи химически структури през целия живот е доказателство, че целият живот е свързан и развит от общ прародител. Научните доказателства са недвусмислени: никакви богове или други дизайнери не са имали ръка в развитието на живота като цяло или на човешкия живот в частност. Ние сме това, което сме поради нашето еволюционно наследство, а не поради желанията или волята на някакви божества.
